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Publié le 26 octobre 2026
Arrêts de travail : vigilance accrue sur les délais de transmission et les risques liés à la subrogation

Le cabinet Hans & Associés attire votre attention sur un point de vigilance important concernant la gestion des arrêts de travail et leurs conséquences financières pour les employeurs.

Depuis plusieurs mois, nous constatons un renforcement de la vigilance des caisses d’Assurance Maladie concernant le respect des obligations de transmission des arrêts de travail. Les règles relatives aux délais d’envoi et aux conditions d’indemnisation semblent faire l’objet d’une application plus stricte, notamment en cas de transmission tardive.

Un délai de 48 heures à respecter impérativement

Lorsqu’un salarié est placé en arrêt maladie, il doit transmettre son avis d’arrêt de travail dans un délai de 48 heures.

Les modalités de transmission diffèrent selon le format de l’arrêt :

  • Arrêt de travail dématérialisé : lorsque le médecin établit l’arrêt de manière informatisée et le télétransmet à l’Assurance Maladie, le salarié doit uniquement transmettre le volet destiné à son employeur, dans le délai de 48 heures.
  • Arrêt de travail au format papier : lorsque l’arrêt est établi sur un formulaire papier sécurisé, le salarié doit transmettre les volets correspondants à sa CPAM ainsi que le volet destiné à son employeur, dans ce même délai.

Le non-respect de ces obligations peut entraîner des sanctions et, dans certaines situations, une réduction ou un refus de versement des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS).

Transmission tardive : un risque de refus d'indemnisation

L’article R. 323-12 du Code de la sécurité sociale prévoit notamment que :

« La caisse est fondée à refuser le bénéfice des indemnités journalières afférentes à la période pendant laquelle son contrôle aura été rendu impossible. »

Ainsi, lorsqu’un arrêt de travail est transmis avec un retard important, la CPAM peut considérer qu’elle n’a pas été en mesure d’effectuer les contrôles nécessaires.

Cette situation peut conduire à un refus de versement des indemnités journalières pour la période concernée, avec des conséquences financières potentiellement importantes.

Subrogation : quelles conséquences pour l'employeur ?

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Pour rappel, la subrogation permet à l’employeur de percevoir directement les IJSS à la place du salarié, lorsqu’il assure le maintien de sa rémunération.

Ce dispositif facilite la gestion de la paie, mais présente également un risque financier.

En effet, lorsque la CPAM refuse de verser les indemnités journalières en raison d’un manquement du salarié à ses obligations, l’employeur ne perçoit pas les IJSS attendues.

L’entreprise peut alors se retrouver à supporter une charge financière supplémentaire au titre du maintien de salaire, sous réserve des règles légales et conventionnelles applicables et des possibilités de régularisation.

Notre préconisation : privilégier la subrogation pour les arrêts dématérialisés

Afin de limiter les risques de non-remboursement des indemnités journalières, le cabinet Hans & Associés recommande une vigilance particulière dans le recours à la subrogation.

Nous préconisons, lorsque la réglementation applicable le permet, de privilégier ce dispositif pour les arrêts de travail dématérialisés, dont la transmission à la CPAM est directement effectuée par le professionnel de santé.

Pour les arrêts établis au format papier, une vérification de leur bonne transmission à l’Assurance Maladie est recommandée avant toute décision relative à la subrogation.

Cette précaution vise à sécuriser la gestion des absences et à limiter les risques financiers pour l’entreprise.

Le cabinet Hans & Associés reste à votre disposition pour vous accompagner dans la gestion des arrêts de travail, du maintien de salaire et de la subrogation.

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